Während im Altertum die Priestermagier das vorherrschende Bild der Magie dominierten, entstand im Mittelalter nun eine neue Form: Die Alchemie – ein Vorläufer der modernen Naturwissenschaft. Der Glaube an die heidnischen Götter oder Dämonen sollte durch die Christianisierung im frühen Mittelalter eigentlich durch das neue Gottesbild ersetzt werden – das Gegenteil war jedoch der Fall. Der Wunder- und Aberglaube nahm zu. Alles Merkwürdige, Sonderbare und Neue wurde mit dem Teufel in Verbindung gebracht.

 
Die systematische Vernichtung aller Bestandteile der „schwarzen Magie“ begann im Jahre 1233 mit einer Bulle von Papst Georg IX. der „Inquisito hereticae pravitas“. Es sollte aber noch schlimmer kommen, als im Jahre 1487 der so genannte Hexenhammer die Grundlage zu einer ungeahnten Jagd auf alle bildete, die sich mit den dunklen Mächten verbündet hatten. Dieser Wahn traf in den meisten Fällen Unschuldige. Unzählige Opfer, vorwiegend Frauen, mussten auf dem Scheiterhaufen der Inquisition sterben. Die letzte „Hexe“ wurde erst 1749 in Würzburg öffentlich verbrannt.

Schlechte Zeiten für die Magier des Mittelalters, die danach suchten, was die Welt im Innersten zusammenhält. Wie schon in der Antike galten die Forschungen allen Gebieten der Wissenschaft. Man erforschte mit skurrilen Versuchsanordnungen und Experimenten, hauptsächlich aber die chemischen Elemente – Die Suche nach dem Stein der Weisen begann. Man ging davon aus, dass mit diesem aus anderen Metallen Gold herzustellen ist. Außerdem sollte aus diesem Stein der Weisen ein Lebenselixier hergestellt werden, welches unsterblich machen sollte.

Die Suche blieb erfolglos, aber trotzdem wurden die Grundlagen der modernen Naturwissenschaft gelegt. Beispielsweise wurde das Porzellan und Schießpulver erfunden und durch die astronomischen Forschungen wurde gar ein ganzes Weltbild zerstört. Die Erde war nach neuesten Forschungen nicht mehr der Mittelpunkt des Universums. Nikolaus Flamel (1330 - ca. 1413), Johann Georg Faust (ca. 1480 - 1540) oder Theophrast von Hohenheim genannt Paracelsus (1493-1541) galten als wichtige Vertreter der Alchemie. 

In dieser düsteren Phase der Geschichte entstand das bis heute in Märchen und Legenden zu findende Bild des Magiers, das Vorbild für die Sagenfiguren Merlin, Gandalf oder Albus Dumbledore war.